A Fertő tó sztyepptó, azaz síkvidéki, szikes, sós állóvíz. A környékén két tájegység találkozik. Maga a tó földtanilag a Kisalföldhöz tartozik. A tótól keletre húzódó táj kisebb szikes és sós tavaival, homokos síkságaival az Alföldre hasonlít. Nyáron viszont hűvösebb és csapadékosabb, mint az Alföld. A nyugati partot szegélyező dombsor nem a Soproni-hegység nyúlványa, önálló dombvonulatként tartjuk számon, mint Fertőmelléki-dombsor. A dombvonulatot ismét szikes rétek követik. Ez az átmeneti táj vezet át a Hanság égerlápjai és mocsarai és a csáfordi tőzikés erdő különlegesen gazdag élővilágához.

A tavat kettő patak táplálja. A Wulka ,amely a Rozália-hegység és a Lajta-hegység patakocskáinak a vízével gyarapodva ömlik Fertőfehéregyháza (Donnerskirchen) mellett a tóba, valamint a Rákos-patak, mely Fertőrákosnál ömlik a Fertőbe, ezt láthatjuk is. Lefolyástalan vizében és iszapjában magas a nátrium koncentrációja, amely különböző anionokhoz kapcsolódik. Emiatt a víz erősen lúgos és sós. Ezért az iszapja gyógyhatású, a keleti part viszont szikesedik. Állandó partvonala nincs, kiterjedése folyamatosan változik. A történelem során többször is kiszáradt; úgy 100-120 évenként történik meg, hogy a vize teljesen eltűnik, de volt olyan is, hogy Balaton méretűre duzzadt és öt falut elnyelt.

Különlegessége az időnként, viharos szél idején előforduló ferde vízállása. Például 1888. március 29-én 81 cm-es vízszint különbséget mérték a tó déli és északi partja, a magyar Fertőboz és az osztrák Nezsider között. 1926. októberében az öt napig dühöngő vihar 80 km?-es területről fújta el a vizet.


  •